Hacia el año 1690, un grupo de comerciantes franceses, inesperadamente, se tropezaron con un misterioso asentamiento en el sur de los Apalaches. Se informó de que la gente de allí vivían en cabañas de madera y tenían la piel de un color oliva inusual y rasgos faciales que recuerdan a los europeos. Dado que se parecían a los comerciantes del norte de África con los que los franceses habían hecho negocios en Europa, supusieron que se habían tropezado con una colonia de Moors, nombre que se le atribuía a éstos últimos.
Nada se supo más de los colonos extraños hasta 1784, cuando un hombre, John Sevier, visitó lo que más tarde sería conocido como el Condado de Hancock, Tennessee. Sevier descubrió una colonia de gente a la que describió como tener rasgos europeos y la piel oscura. Aunque los propios colonos decían ser portugueses, Sevier, aparentemente, no les creyó, también llegando a la conclusión de que eran Moors.
Sobre la década de 1800, los misteriosos colonos se habían extendido desde Tennessee hasta zonas aisladas de Virginia y Kentucky. Las comunidades vecinas les llamaban los melungeons y aprovecharon cada oportunidad para degradarlos y discriminarlos. Las madres apalaches asustarían a sus hijos con cuentos de la gente oscuras en las montañas.
El origen de los melungeons sigue siendo desconocido. La teoría más común es que son una mezcla de blancos, negros y nativos americanos antepasados. Otros han sugerido que son los descendientes de la colonia perdida de Roanoke, que son marineros portugueses náufragos, antiguos pobladores fenicios, o incluso una de las tribus perdidas de Israel. Los registros oficiales del censo han cambiado enormemente, etiquetando los melungeons como el blanco, el portugués, el nativo americano o «mulato» en diferentes momentos de la historia.
En 1999, surgió una nueva evidencia de que los melungeons pudieron haber sido uno de los primeros pobladores del viejo mundo en América del Norte. Según el Dr. Brent Kennedy, de Wise Universidad de Virginia, los melungeons pueden ser descendientes de los turcos otomanos, traídos al nuevo mundo como siervos y abandonados en la zona de Sir Francis Drake después de haberlos capturado por los españoles. El término «Melungeon» pudo haber venido de «Melunn-Jinn,» palabra árabe que se utiliza para un alma maldita abandonada por Dios. Dado que este es todavía sólo una teoría, los orígenes del pueblo Melungeon siguen siendo un misterio.
